1ـ‌ تحریف اسلام و وارونگی مفاهیم دینی
با دور شدن تدریجی جوامع اسلامی از مفاهیم و آموزه‌های اصلی و اصیل اسلامی و دگرگون شدن پیام اولیه عدالت‌خواهانه اسلام، این مکتب به آرامی از بالندگی افتاد، دچار انحراف گشت و به خمودی گرایید. مفاهیم ارزشمندی از قبیل عدالت، قسط، جهاد، حج ابراهیمی، شهادت،‌ امر معروف و…. به دلیل خطرآفرین بودن برای قدرتمداران، یا به آفت تحریف دچار گشت و یا به بوته فراموشی سپرده شد؛ و به جای آن مباحثی از قبیل تقدیر و جبر، حدوث و یا قدیم بودن قرآن و مسائلی از این دست، سالها مهمترین موضوع تفکر دینی و اسلامی می‌گردد،؛ توسط اینگونه مباحث دغدغه‌های دینی مردم کنترل شده و محوری برای مشغول کردن اندیشمندان گردیده است.

از طرف دیگر، تمایلات فرقه‌ای و عربی، ورود افکار و اندیشه‌های یونانی و فرهنگ غیراسلامی، الهام‌گیری از آموزش و جهان‌بینی غربی، آرمان‌های اسلامی را به انزوا کشانید. بعدها این مسائل، موجب این پندار شدکه اسلام با دوره‌ی معاصر، سنخیت ندارد.
بیشتر تحصیل‌کرده‌ها، غافل از داشته‌ها و اندوخته‌های غنی فرهنگ اسلامی خویش، کلید توسعه و حتی نجات جامعه را در اتخاذ علوم، ارزش‌ها و فلسفه غربی دیدند. امام در دیداری که با برخی مسئولین دارد به این نکته اشاره می‌کنند که دشمنان راه نجات خود را در این دیده‌اند که یا اسلام در این کشورها نباشد و یا لااقل محتوا نداشته باشد. هرچند در بخش اول توفیقی نداشته‌اند، اما نسبت به بی‌محتوا کردن اسلام موفق بوده‌‌اند.

از این رو بسیاری از افراد که به دنبال احیای دینو تفکر دینی در جامعه بوده‌اند از بازنگری در برخی از مفاهیم کلیدی اندیشه اسلامی که پیش از آن به دلیل تعبیرهای غلط موجب ابهام و رکود شده بود شروع کردند. افرادی از قبیل سیدجمال، محمد عبده، محمد اقبال، دکتر علی شریعتی، و…. به دلیل همین دریافت، چنان روشی را در سرلوحه‌ی فعالیت‌های خویش برگزیدند. امام در پاسخ به سؤال چیستی ریشه‌های انقلاب، به محتوای اصیل تشیع اشاره دارند: «سؤال: تصور می‌‌کنم که آنچه امروز در حیات یک جنبش توده‌ای در ایران اتفاق می‌افتد، ریشه‌هایش در یک نوع رنسانس شیعه یافت می‌شود. ممکن است شرح دهید که چه فعالیت‌ها و بحث‌ها و مبارزاتی در سی سال اخیر فعالیت شما را تشکیل داده است؟ جواب: یکی از خصلت‌های ذاتی تشیع از آغاز تاکنون مقاومت و قیام در برابر دیکتاتوری و ظلم است که در تمامی تاریخ شیعه به چشم می‌خورد، هر چند که اوج این مبارزات در بعضی از مقطع‌های زمانی بوده است. در صد سال اخیر حوادثی اتفاق افتاده است که هرکدام در جنبش امروز ملت ایران تأثیری داشته است. انقلاب مشروطیت، جنبش تنباکو و…. قابل اهمیت فراوان است….»

«… اسلام دین افراد مجاهدی است که به دنبا حق و عدالتند، دین کسانی است که آزادی و استقلال می‌‌خواهند، مکتب مبارزان و مردم ضد استعمار است. اما اینها اسلام را طور دیگری معرفی کرده‌‌اند… برای این منظور که خاصیت انقلابی و حیاتی اسلام را از آن بگیرند و نگذارند مسلمانان در کوشش و جنبش و نهضت باشند… تبلیغ کرده‌اند که اسلام دین جامعی نیست، دین زندگی نیست، برای جامعه نظامات و قوانین ندارد. طرز حکومت و قوانین حکومتی نیاورده است. اسلام فقط احکام حیض و نفاس است، اخلاقیاتی هم دارد، اما راجع به زندگی و اداره جامعه چیزی ندارد….» همه کوشش امام در مردمی بودن حکومت و ایجاد یک نظام جمهوری از جایگاه یک اسلام‌شناس و مجتهدی اندیشه‌ور، برای بسیاری تازگی داشته و شگفت‌آور بود. آنچه او در مورد زنان و نقش آنان در جامعه، فقه حکومتی و اجتهاد، نفی تحجر و واپسگرایان و مقدس‌مآبان، اسلام پابرهنگان و… می‌اندیشید موجب طرح دوباره اسلام در صحنه حیات بشری به ویژه در جهان اسلام شدودر آن روحی تازه دمید.
«همه توطئه‌های جهان خواران علیه ما از جنگ تحمیلی گرفته تا حصر اقتصادی و غیره برای این بوده است که ما نگوییم: اسلام، جوابگوی جامعه است و حتما در مسائل و اقدامات خود از آنان مجوز بگیریم.»

2ـ حکام کشورهای اسلامی
یکی از موانع در فراروی نهضت بیداری، حاکمان و سران کشورهای اسلامی است. اینان استقرار اسلام ناب را مغایر با منافع شخصی و حکومتی خود می‌پندارند. «مشکل مسلمین حکومت‌های مسلمین است. این حکومت‌ها هستند که مسلمین را به این روز رسانده‌اند…. «کارنامه سیاه و ننگین حاکمان بی‌درد کشورهای اسلامی، حکایت از افزودن درد و مصیبت بر پیکره نیمه جان اسلام و مسلمین دارد.» «ما امید این را داریم که این نهضت ایران روشن کند مسائل را به همه ملتها وروشن کرده است… ملتها الان با ما هستند، اگر سر نیزه را از این ملتها بردارند از عراق بردارند از ـ نمی‌دانم ـ ترکیه بردارند ، همه یکصدا با ما موافقند. سرنیزه جلو را گرفته است، منتها ایران سر نیزه را شکست، ایران ایستاد….» امام حکومتهای منحرف اسلامی را عامل قدرتهای شیطانی دانسته که برای اغفال مردم از راه اسلام وارد می‌شوند.

3ـ‌تفرقه
برخلاف تصور برخی از سطحی‌نگران، امام وحدت را یک تاکتیک یا ابزار مصلحتی برای پیشبرد اهداف و مقاصد سیاسی انقلاب نمی‌بیند. وحدت را یک اصل اسلامی تعریف کرده و لازمه‌ی توفیق در مبارزه با دشمن اصلی و موفقیت در رهایی از وضعیت اسفبار کنونی مسلمین را در گرو همبستگی دانسته است. وی با تمام ارادتی که به اهل بیت دارد، حاضر نیست در مجالس تفرقه‌افکنانه‌ای که به عنوان حمایت از اهل بیت تشکیل می‌شود، شرکت کند.بالاتر از آن امام در پی ایجاد جبهه متحد اسلامی بود: «من به صراحت اعلام می‌کنم که جمهوری اسلامی ایران، با تمام وجود برای احیای هویت اسلامی مسلمانان در سراسر جهان سرمایه‌گذاری می‌کند و دلیلی هم ندارد که مسلمانان جهان را به پیروی از اصول تصاحب قدرت در جهان دعوت نکند و جلوی جاه‌طلبی و فزون‌طلبی صاحبان قدرت و پول و فریب را نگیرد. ما باید برای پیشبرد اهداف و منافع ملت مردم ایران برنامه‌ریزی کنیم. ما باید در ارتباط با مردم جهان و رسیدگی به مشکلات و مسائل مسلمانان و حمایت از مبارزانوگرسنگان و محرومان، با تمام وجود تلاش کنیم…ما باید خود را آماده کنیم تا در برابر جبهه متحد شرق و غرب، جبهه قدرتمند اسلامی انسانی، با همان نام و نشان اسلام و انقلاب ما تشکیل شود وآقایی و سروری محرومین و پابرهنگان جهان جشن گرفته شود.»

دست‌های ناپاکی که به ایجاد اختلاف میان شیعه و سنی می‌پردازند درصدد «محدود کردن تأثیر انقلاب اسلامی و جلوگیری از گسترش آثار آن در مناطق سنی مذهب (هم بخش‌های نفت‌خیر آن و هم کشورهای در حال نبرد با اسرائیل) بوده است.»
امام برای تحقق آرمان وحدت مسلمین از امکانات موجود بهره می‌جستند و در این راستا مسأله فلسطین، روز قدس و حج ابراهیمی و… را مطرح کرده‌اند.

4ـ تحجر و جمود مقدس‌نماها
امام از مقدس‌نماها به عنوان یکی از موانع شناخت و بیداری اسلامی نام می‌برد و برای گسترش اسلام ناب محمدی، شناخت این مشعل‌داران تحجر و حماقت و مبارزه با آنان را ضروری می‌دانند. «… آمریکا و استکبار، در تمامی زمینه‌ها افرادی را در آستین دارند. در حوزه‌ها و در دانشگاه‌ها، مقدس‌نماها را که خطر آنان را بارها و بارها گوشزد کرده‌ام،‌ اینان با تزویرشان،‌از درون محتوای انقلاب و اسلام را نابود می‌کنند. اینها با قیافه حق به جانب و طرفدار دین و ولایت همه را بی‌دین معرفی می‌کنند. باید از شر اینها به خدا پناه ببریم… امروز جهان تشنه اسلام ناب محمدی است….»

این عده با تظاهر به تعبد و زهد که از ویژگی‌های این گروه است، بزرگترین ضربه را درطول تاریخ بر پیکره دین وارد آورده‌اند. نمونه بزرگ این گروه را مارقین، در زمان حکومت حضرت علی(ع)‌تشکیل می‌دادند. چهره‌هایی آراسته و متظاهر به دیانت و زهد که ضربه‌ای بزرگ بر پیکر عدل‌گستر حکومت علی وارد آوردند. خطر این گروه را نباید کوچک شمرد. اینان به راحتی ابزار دست دشمنان اسلام واقع می‌شوند. بزرگترین ضربه‌ها را اسلام درطول تاریخ حیات خود، از این مقدس‌نماها خورده است. اینان زود فریب می‌‌خورند و زود تحریک می‌شوند و شایعه را به زودی قبول می‌کنند و پس از آن احساس تکلیف می‌‌کنند!
«… امروز جامعه مسلمین طوری شده که مقدسین ساختگی جلو نفوذ اسلام و مسلمین را می‌گیرند و به اسم اسلام به اسلام ضربه می‌زنند… روحیه و افکار خود را به نام اسلام در جامعه سرایت می‌دهند
5ـ روشنفکرنماها
همانگونه که تحجر و جمود از دیدگاه امام مانع بیداری است، دلبستگی به شرق و غرب و خودباختگی در برابر آنان ملتها را از نزدیک شدن به اسلام باز می‌دارد. … امروز زمانی است که ملتها چراغ راه روشنفکرانشان شوند و آنان را از خوباختگی و زبونی در مقابل شرق و غرب نجات دهند که امروز روز حرکت ملتهاست. اما در مواردی به روشنفکران توصیه می‌کنند،‌ معیار روشنفکری را، پیروی از داده‌های غربی ندانند. معرفی درست اسلام را وظیفه آنان دانسته و در استمرار یک حکومت عدل برای روشنفکران نقش اساسی قائلند. و از طرف دیگر انتقادهایی از روشنفکران دارند؛ بی‌تفاوتی نسبت به اسلام، غربگرایی، خودباختگی، بی‌اطلاعی از اسلام، بریدن از مردم از جمله مسائلی است که امام به این قشر گوشزد می‌کنند.

6ـ آخوندهای وابسته
امام در عین حمایت کامل از روحانیت اصیل و متعهد، انتقادهای بسیار تندی از روحانی‌نماهای وابسته به دربار و قدرت دارند. امام ضمن ابراز تنفر از روحانیت غیرمهذّب و متعهد، آنان را از ساواکی‌ها هم بدتر می‌دانند. اینها بهترین ابزاری هستند که خواسته یا ناخواسته مجری اهداف قرار می‌گیرند: «طرح اختلاف بین مذاهب اسلامی از جنایانی است که به دست قدرتمندان که از اختلاف بین مسلمانان سود می‌برند و عمّال از خدا بی‌خبر آنان از آن جمله وعاظ‌السلاطین که از سلاطین جور سیاه‌روی‌ترند، ریخته شده و هر روز بر آن دامن می‌زنند و گریبان چاک می‌کنند و در هر مقطع به امید آنکه اساس وحدت بین مسلمین را از پایه ویران نمایند طرحی برای ایجاد اختلاف عرضه می‌دارند.» «… ما گرفتار بعضی اشخاص که دعوی اسلامی می‌کنند، بعضی‌ها که در راس روحانیت بعضی ممالک واقع هستند… ما را تکفیر می‌کنند… متاسفانه در لباس مفتی هستند…. این کارها بر ضد اسلام و بر وفاق میل ابرقدرت‌هاست… اگر چنانچه وعاظ‌السلاطین بگذارند و اتحاد ما را به هم نزنند، ان‌شاءالله پیروز خواهیم شد.»