عیسى بن جعفر در نامه‏اى كه براى هارون فرستاد نوشت: مدت درازى است كه موسى بن جعفر در زندان من است و كسانى را گمارده‏ام تا اوضاع او را براى من گزارش كنند، ولى او در این مدت نه از تو و نه از من به بدى یاد نكرده و تنها به عبادت و طلب آمرزش براى خود مشغول است، اگر كسى را براى تحویل گرفتن او نفرستى من او را آزاد خواهم كرد، زیرا در نگهدارى او در زندان دچار حرج شده‏ام . چون نامه به هارون رسید كسى را فرستاد تا امام را از عیسى بن جعفر تحویل گرفته و او را به بغداد برده و به فضل بن ربیع بسپرد . امام روزگارى طولانى نزد او بود .
شیخ مفید در ارشاد مى‏گوید: هارون از فضل بن ربیع خواست تا امام را بكشد، ولى او نپذیرفت، هارون در نامه‏اى به او فرمان داد تا امام را به فضل بن یحیى تحویل دهد و او امام را در حجره‏اى تحت نظر قرار داد، امام پیوسته مشغول عبادت بود و بیشترین روزها را روزه بود و شب‏ها را به نماز مى‏گذراند . فضل چون این حال را بدید امام را گرامى داشت و تنگناها را كمتر كرد . این خبر به هارون رسید . او كه در «رقه‏» بود از این مساله خشمگین شد و به او دستور داد تا امام را بكشد، ولى او ابا كرد . هارون غضبناك شد و مسرور خادم را طلبید و دو نامه به او داد و گفت: به بغداد برو و بر موسى بن جعفر وارد شو، اگر او را در رفاه و گشایش دیدى، یكى از نامه‏ها را به عباس بن محمد و دیگرى را به سندى بن شاهك بده . در نامه اول به عباس دستور داده شده بود به محتواى آن عمل كند و در نامه سندى آمده بود كه باید سر به فرمان عباس گذارد .

مسرور به دستور هارون به بغداد رفت و به خانه فضل بن یحیى درآمد . كسى از قصد او آگاهى نداشت، چون مسرور از وضع امام كاظمعلیه السلامو آسایش نسبى او آگاه شد فورا نزد عباس و سندى رفت و نامه‏ها را به آنان داد . زمانى نگذشت كه پیكى نزد فضل آمد تا او را با خود ببرد، فضل مدهوش و مات همراه او روان شد و بر عباس بن محمد وارد شد، عباس تازیانه طلبید و فرمان داد تا فضل بن یحیى را لخت كنند و سندى او را دویست ضربه تازیانه زد . مسرور ماجرا را براى هارون نوشت، هارون فرمان داد تا موسى بن جعفرعلیه‌السلام را به سندى بن شاهك تحویل دهند، آن گاه خود در مجلس نشست و در حالى كه مردم گرد او بودند چنین گفت: اى مردم، بدانید كه فضل بن یحیى سر از فرمان برتافت، من او را لعن و نفرین مى‏كنم و شما نیز چنین كنید . از همه سو صداى لعن و نفرین برخاست . در همین حال یحیى بن خالد برمكى پدر فضل از درى مخفى وارد شد و پشت‏سر هارون قرار گرفت و به او گفت: آنچه از فضل خواستى من انجام مى‏دهم .
هارون شادمان شد و رو به مردم كرد و گفت: من فضل را به جرم سرپیچى لعن كردم، حال كه توبه كرده و سر به فرمان من نهاده است او را دوست‏ بدارید. حاضران گفتند: ما دوستدار كسى هستیم كه تو او را دوست‏بدارى و دشمن كسى هستیم كه تو دشمن مى‏دارى!

آن گاه یحیى بن خالد به بغداد رفت و با سندى بن شاهك بر قتل امام كاظمعلیه السلام به توافق رسیدند، سرانجام پس از سال‏ها - بین هفت تا چهارده سال - كه امام در زندان‏ها به سر برده؛ به دست‏سندى و با غذاى آلوده به زهر مسموم شد و امام تنها سه روز زنده ماند . چون امامعلیه السلامبه شهادت رسید، سندى عده‏اى از فقیهان و بزرگان بغداد را كنار پیكر امام حاضر كرد و به آنان گفت: آیا جاى شمشیر یا نیزه بر پیكر او مى‏بینید؟ گفتند: نه، سندى گفت: پس گواهى بدهید كه او به مرگ طبیعى مرده است و آنان چنین كردند. بعد از این اقدام، جنازه امام را بر روى پل بغداد قرار داد و منادى فریاد برآورد: موسى بن جعفر را ببینید كه با مرگ طبیعى مرده است! سپس جسد مطهر امام كاظم علیه السلام را به گورستان قریش بردند و به خاك سپردند .
شهادت آن بزرگ در سال 183 یا 186ق و در 55 سالگى اتفاق افتاد .
از او 37 دختر و پسر به جاى ماند كه برترین و عظیم‏الشان‏ترین آنان هشتمین خورشید آسمان ولایت على بن موسى الرضاعلیه السلام است .