یکی از ویژگیهای اخلاقی و معنوی آیت الله بهجت که ایشان را از دیگر عالمان، و بلکه مجتهدان ممتاز می کند، الگوی رفتاری برگرفته از شیوه معصومین علیهم السلام است که گفتار و کردار، اعمّ از نشست و بر خاست، و سخن گفتن و خاموش بودن، و در نحوه انجام عبادات و راز و نیاز با معبود یکتا، و برخورد با افراد، و … نمایان است. این ویژگی به گونه ای است که حتی هر انسان غافلی را به خدا متوجه می کند.

آیت الله مصباح در این باره می گوید:
« بنده از سال1331 که به قم آمدم با ایشان آشنا شدم، منزل ایشان جنب مدرسه حجتیه بود، و تقریبا” هر روز آقا را هم در راه و هم در حرم زیارت می کردم، چهره نورانی ایشان برای هر بیننده ای جاذبه داشت، و کیفیت نشست و برخاست و حرکات و سکنات ایشان جلب توجه می کرد و نشان می داد که ایشان در یک فضای معنوی خاصی زندگی می کند و توجه شان به فوق مطالبی است که دیگران به آن توجه دارند تقیّد ایشان به عبادات و سحر خیزی و زیارت حضرت معصومه علیها السلام و برنامه های متعددی که هر روز اجرا می کردند. همگی اولین چیزهایی بود که هر بیننده ای را به خود متوجه می کرد، مخصوصاً کسانی که دوست داشتند یک الگوی رفتاری برای خودسازی بشناسند و پیروی کنند.
آنچه بر این عوامل می افزود توجّهات خاص و نگاه های نافذ ایشان بود، گاهی نسبت به بعضی از افراد مثل یک جاذبه ای که روح طرف را به خود جذب کند، اثر می گذاشت.

به هر حال، این خصوصیات باعث شد که کنجکاوی ما تحریک بشود و ببینم ایشان کیست و چه خصوصیات و چه ویژگیهایی دارد. از دوستان و آشنایان و کسانی که احتمال می دادیم با ایشان بیشتر مأنوس باشند، تحقیق کردیم و برای ما روشن شد که ایشان هم از نظر علمی و هم از نظر معنوی ممتاز هستند. کم کم اجازه گرفتیم گاه گاهی به منزلشان برویم و از نصایحشان استفاده کنیم. »